Det væsentligste princip i undervisningen er at møde eleven, hvor han er, og skabe positiv udvikling derfra.

Undervisningen tager udgangspunkt i et fastlagt ugeskema, som understøtter struktur og forudsigelighed for den enkelte elev. Udgangspunktet kan dog fraviges, hvis eleven ikke er klar til at modtage undervisning på det planlagte tidspunkt, eller hvis motivationen i højere grad er til at modtage undervisning i et andet fag.

Der tages udgangspunkt i en meget anerkendende tilgang, hvor den enkelte elevs kompetencer og potentialer, og arbejdet med de unges personlige og sociale udvikling vægtes højt. Målet er, så vidt muligt, at møde eleven der hvor der er motivation, og tage udgangspunkt i der hvor energien er. På den måde er fokus på, at skabe flest mulige succeser for den enkelte, og øge troen på sig selv og egne evner.

Obligatoriske fag er dansk, matematik og engelsk, hvor målet også er, at eleverne kommer op til folkeskolens afsluttende prøver. Brahesholm fører elever op til eksamen i samarbejde med en af Assens Kommunes folkeskoler.

Derudover er der bl.a. idræt, madkundskab, samfundsfag, historie, naturfag samt forskellige praktiske/kreative fag. Ofte vil de praktiske/kreative fag tage udgangspunkt i de unges interesser, og meget af undervisningen udmøntes i form af ture, som har et undervisningsmæssigt sigte. Undervisningen er et mix af traditionel undervisning og ”kreativ” undervisning, hvor undervisningen omsættes til en form som imødekommer den enkeltes interesser bedst muligt.